截至目前（2025年9月），贝达喹啉在未经暴露人群中的基础耐药率仍低于1%，但一旦发生暴露并出现突变，其耐药呈现“单步突变即可产生高水平耐药、交叉耐药常见、临床预后差”三大特点，可概括为：

基础耐药率极低
全球5年、11国、5 000余株治疗前MDR-TB分离株监测显示，贝达喹啉表型耐药率仅0.4%–0.6%，提示自然背景突变极少，药物“起点”很好。
获得性耐药上升快、机制集中

临床使用后可于8–24周内出现耐药，主要突变靶点为Rv0678外排泵抑制子（>90%），次为atpE（靶蛋白）与pepQ。
这些突变一次即可使MIC升高4–64倍，单步即可跳出有效浓度窗口，因此“由敏到耐”时间明显短于传统二线药。

交叉耐药普遍
Rv0678突变同时上调MmpS5-MmpL5外排泵，导致氯法齐明（CFZ）同步耐药；研究显示约63%的贝达喹啉耐药株也对氯法齐明耐药，给后续方案设计带来额外压力。

分子耐药与临床失败高度一致
南非HIV-MDR-TB队列发现，携带Rv0678突变者治疗失败/死亡率达70%，而无突变者仅18%，提示一旦基因型耐药出现，继续用药基本无效且会加重传播风险。

可防可控，但依赖“早筛-足量-联合”
治疗前做DST或全基因组测序，发现背景突变即换方案；
保证至少3–4种有效药物“护航”，避免单药暴露；

全程监测培养及MIC，出现MIC升高或突变立即停用并调整。

结论：贝达喹啉“天然耐药”极低，是优秀的抗结核新药；但其获得性耐药突变路径短、交叉耐药高、临床后果重，必须在规范联合化疗和分子监测下使用，才能长期保持其有效性。