康奈菲尼主要通过肝脏的CYP3A4酶代谢，强效诱导剂会降低其疗效，强效抑制剂会增加毒副作用。
此外，由于它本身可能引起心脏QT间期延长，与特定心脏药或激素避孕药同服时也存在较高风险。

影响疗效的药物（需避免联用）
CYP3A4强效诱导剂：这类药物会加速康奈菲尼在体内的代谢，导致血液中的药物浓度大幅下降，从而减弱抗肿瘤效果。常见的包括利福平、苯妥英钠、卡马西平等。
敏感的CYP3A4底物：如激素类避孕药。康奈菲尼可能会降低这类药物的血药浓度，导致避孕失败，治疗期间及停药后两周内必须采取非激素类的避孕措施。
增加毒副作用的药物（需调整剂量）

CYP3A4强效或中效抑制剂：这类药物会减慢康奈菲尼的代谢，导致药物在体内蓄积，增加皮疹、肝损伤等副作用的风险。常见的包括酮康唑、伊曲康唑、克拉霉素等。如果必须同服，医生通常会建议减少康奈菲尼的剂量。
葡萄柚（西柚）及其果汁：含有抑制肝脏代谢酶的 components，服用康奈菲尼期间应完全避免食用，以免导致血药浓度异常升高。

增加心脏风险的药物
延长QT间期的药物：康奈菲尼本身可能引起心电图QT间期延长，若与同样有此风险的药物（如胺碘酮、索他洛尔等抗心律失常药，或某些抗精神病药物）同服，会增加严重心律失常的危险。用药期间需定期监测心电图和电解质。

联合用药的特别提醒
比美替尼：正如前文所述，康奈菲尼常与比美替尼联合使用。这两种药物在代谢和副作用上存在相互影响，必须严格按照医生规定的剂量配合服用，不可自行增减。

康奈菲尼的药物相互作用较多，核心原则是不要自行加用任何新的处方药、非处方药或保健品。在用药期间，务必带上完整的用药清单给主治医生和药师审核，以确保治疗方案的安全。