贝达喹啉的疗效评估采用“多时点、双指标、影像+症状”的综合模式，核心是把“痰菌阴转速度”和“治疗结局”两条主线量化，并辅以影像与安全性验证。
首要指标是痰培养阴转时间：从治疗开始到连续两次固体培养阴性（间隔≥28天）所需天数。日本研究者用这一终点观察到含贝达喹啉方案平均14–15天即可阴转，显著快于传统方案。

阴转率按固定窗口计算：2个月、6个月、24个月培养阴转率是最常用的三个截点。广州205例队列显示，2月末阴转率89.8%，6月末达98%；WHO汇总资料则把“6个月阴转率”作为III期临床试验的替代终点。

长期结局采用WHO统一定义的“治疗成功”：治愈（完成疗程且末次培养阴性）或治疗完成（疗程结束但缺乏培养结果）计入成功；失败、复发、死亡、失访等计入不良结局。最新Meta分析表明，含贝达喹啉方案的治疗成功率在观察性研究中为76.9%，在随机对照试验中可达81.7%。

影像与症状作为辅助指标：胸部CT用于评价病灶吸收率、空洞闭合率。俄罗斯一项回顾性研究指出，治疗90剂次后，贝达喹啉组空洞闭合率是对照组的2.5倍，浸润灶明显吸收；咳嗽、发热、咯血等症状缓解则记录为“症状改善”。

安全性同步评估：规定每月查肝功，定期测QTc，统计≥3级不良反应发生率，以确认疗效增加的同时不带来不可接受的毒性。
简言之，临床先用“痰培养阴转时间”看速度，再用“6月末/24月末阴转率”看深度，最后以WHO定义的“治疗成功”看终点，配合影像吸收、症状积分和不良反应，构成对贝达喹啉疗效的完整评估链。