磷酸萘坦司韦胶囊联合艾考磷布韦片的副作用发生率最低，且耐受性良好。相比之下，传统方案（聚乙二醇化干扰素α联合利巴韦林）的副作用较多且较严重。如果患者希望选择副作用最小的方案，磷酸萘坦司韦胶囊联合艾考磷布韦片可能是更好的选择.

在基因3型HCV（丙型肝炎病毒）感染的治疗方案中，不同方案的副作用各有特点。以下是几种常见方案的副作用比较：
1. 吉三代（索磷布韦/维帕他韦）联合利巴韦林
副作用：常见的副作用包括乏力、头痛、恶心、腹泻、失眠等。
特点：总体耐受性良好，但利巴韦林可能导致贫血，尤其在肝硬化患者中。

2. 盐酸可洛派韦胶囊联合索磷布韦片
副作用：主要不良反应包括中性粒细胞计数降低（3.8%）、乏力（3.0%）、低蛋白血症（2.7%）、头痛（1.9%）、高尿酸血症（1.6%）、头晕（1.6%）、腹泻（1.6%）、恶心（1.1%）等。
特点：副作用发生率较低，且大多数为轻度或中度。

3. 磷酸萘坦司韦胶囊联合艾考磷布韦片
副作用：常见副作用包括恶心、呕吐等，但发生率较低，较传统疗法减少了近30%。
特点：耐受性良好，副作用较少且严重程度较低。

4. 传统方案：聚乙二醇化干扰素α联合利巴韦林
副作用：流感样症状（如发热、乏力、肌肉酸痛）、抑郁、失眠、贫血、中性粒细胞减少、血小板减少等。
特点：副作用较多且较严重，尤其在肝硬化患者中